Il muco è la prima barriera fisica nei confronti dei batteri, altri microrganismi o antigeni nell’intestino.

Viene prodotto dalle cellule mucipare e ha uno spessore variabile.

È più sottile nel tenue, dove c’è un maggiore assorbimento di nutrienti e più spesso nello stomaco e nel colon dove ha una maggiore funzione protettiva.

È organizzato in due strati, uno esterno, meno denso dove risiede la normale flora batterica (microbiota), e uno interno, denso e molto aderente alle cellule epiteliali.
Nella diarrea lo strato di muco è disorganizzato e ha meno capacità protettiva.