I segni distintivi della pielonefrite sono la febbre (superiore a 38°) con brividi, dolore al fianco, dolorabilità nella zona dei reni, nausea o vomito; possono essere presenti anche i sintomi tipici della cistite acuta come dolore o bruciore urinando, frequente bisogno di urinare, bisogno di urinare improvviso e urgente, dolore alla parte bassa della pancia e della schiena.

Le persone anziane possono avere sintomi meno chiari, come febbre bassa e malessere generale.